Глава 2. БИОЛОГИЧЕСКИЕ СИСТЕМЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В БИОТЕХНОЛОГИИ
Характер биологической системы (микроорганизмы, клеточные линии насекомых, растений и млекопитающих, многоклеточные организмы) исключительно важен для биотехнологического процесса. Во многих случаях именно генетически модифицированная самовоспроизводящаяся биологическая единица (микроорганизм, вирус, растение или животное) является конечным коммерческим продуктом.
Прокариоты и эукариоты. Все живые организмы принято делить на две основные группы; прокариоты и эукариоты. Приблизительно 1,5 млрд. лет назад произошел переход от маленьких клеток со сравнительно простой внутренней структурой (прокариоты) к большим по размеру и более сложно устроенным эукариотическим клеткам, подобным клеткам высших животных и растений.
Основные структурные различия прокариот и эукариот:
— наличие или отсутствие ядра, содержащего хромосомную ДНК;
— строение и химический состав клеточной стенки;
— наличие или отсутствие субклеточных цитоплазматических органелл,
В прокариотической бактериальной клетке хромосомная ДНК находится непосредственно в цитоплазме, клетка окружена ригидной клеточной стенкой. В клетке нет стоклеточных цитоплазматических органелл (рис. 3). В оптимальных условиях прокариотическая клетка может делиться каждые 20 мин и таким образом давать жизнь более 10 млрд. клеток менее чем за сутки.
В эукариотической клетке (рис. 4) имеется ядро, отделенное от цитоплазмы ядерной мембраной, хромосомная ДНК находится в ядре. В цитоплазме содержатся различные субклеточные органеллы: мембраны, окружающие ядро, митохондрии, образующие лабиринт эндоплазматического ретикулума (ЭПР), где синтезируются липиды и белки. Мембраны формируют стопки уплощенных пузырьков, составляющих аппарат Гольджи, который участвует в синтезе и транспорте различных органических молекул. Мембраны окружают лизосомы (субклеточные структуры диаметром 0,20-0,5 мкм), содержащие гидролитические ферменты, необходимые для внутриклеточного пищеварения.
Мембраны, таким образом, защищают от действия этих ферментов белки и нуклеиновые кислоты самой клетки. Мембраны также окружают пероксисомы, содержащие окислительные ферменты, производящие и разрушающие опасные высокореакционоспособные перекиси (пероксиды). Обмен между внутриклеточными, окруженными мембранами структурами и внеклеточной средой происходит с помощью эндоцитоза.
Различают две группы бактерий — эубактерии, населяющие почву, воду и другие организмы, и архебактерии, встречающиеся в таких средах обитания, таких как болота, океанские глубины, очень соленые воды и горячие кислые источники.
Исходя из температурного режима, который предпочитают те иди иные микроорганизмы, подразделяют на термофилы (от 45 до 90° С и выше), мезофилы (от 10 до 47 °С) и психрофилы или психротрофы (от -5 до 35 °С). Микроорганизмы, активно размножающиеся лишь в определенном диапазоне температур — полезный инструмент для решения различных биотехнологических задач. Например, термофилы часто служат источником генов, кодирующих термостабильные ферменты, а генетически видоизмененные психротрофы используются при пониженной температуре для биодеградации токсичных отходов, содержащихся в почве и воде.
Среди множества биологических объектов, использующихся в молекулярной биотехнологии, основными «рабочими лошадками» являются бактерии Escherichia coli, одноклеточные дрожжи Saccharomytes cerevisiae и различные клеточные линии животного происхождения. Все они играют важную роль в получении белков, кодируемых клонированными генами.
Escherichia coli — грамотрицательная непатогенная подвижная палочка длиной менее 1 мкм. Традиционная среда ее обитания — кишечник человека, может также высеваться ил почвы и воды. Штаммы Escherichia coli культивируются на обогащенных жидких питательных средах, содержащих аминокислоты, витамины, соли, микроэлементы и источник углерода. Е. coli можно культивировать в аэробных и анаэробных условиях, но для оптимальной продукции рекомбинантных белков Е. coli и другие микроорганизмы обычно выращивают в аэробных условиях. Рост клеточной массы и продукция белка лимитируются содержанием в питательной среде растворённого кислорода, для этого в ферментерах создают условия аэрации.
Кроме Е. coli в молекулярной биотехнологии используют множество других микроорганизмов, которые подразделяют на две группы:
1. Микроорганизмы как источники специфических генов (например, ген, кодирующий стабильную ДНК-полимеразу, которая используется в широко применяемой полимеразной цепной реакции — ПЦР; этот ген был выделен из термофильных: бактерий и клонирован в Е. coli).
2. Микроорганизмы, созданные генно-инженерными методами для решения определенных задач (например, различные штаммы Corynebacterium glutamicum, генетически модифицированные с целью повышения продукции промышленно важных аминокислот).
Saccharomytes cerevisiae — непатогенные одноклеточные организмы с диаметром клетки около 5 мкм, во многих отношениях представляют эукариотический аналог Е. coli. S cerevisiae размножаются почкованием, их способность к превращению сахара в этанол и углекислый газ издавна использовалась для изготовления напитков и хлеба. Клетки дрожжей делятся каждые 1,5-2 ч. S. cerevisiae является удобной моделью для исследования других эукариот, в том числе человека, так как многие гены, ответственные, за регуляцию клеточного деления S. cerevisiae сходны с таковыми у человека. Это способствовало идентификации и характеристике генов человека, отвечающих за развитие новообразований. Генетическая система дрожжей является непременным участником всех исследований по изучению ДНК человека.
Синтезированный бактериальной клеткой эукариотический белок часто: подвергают ферментативной модификации, присоединяя к белковой молекуле низкомолекулярные соединения, что необходимо для правильного функционирования белка. Однако Е. coli и другие прокариоты не способны осуществлять эту модификацию, поэтому для получения полноценных эукариотических белков используют S. cerevisiae и другие виды дрожжей.
В качестве биологических систем в молекулярной биотехнологии используют культуру эукариотических клеток. Кусочек ткани определенного организма (насекомого, растения, млекопитающего) обрабатывают протеолитическими ферментами (трипсином), расщепляющими белки межклеточного материала, при работе с растительными клетками используют ферменты, разрушающие клеточную стенку. Высвободившиеся клетки помещают в питательную среду, содержащую аминокислоты, антибиотики, витамины, соли, глюкозу, факторы роста. В этих условиях (деление клеток млекопитающих происходит примерно раз в сутки) на стенке емкости с культурой образуется клеточный монослой. Если после этого не перенести клетки в емкости со свежей питательной средой, рост прекращается. Обычно удается переносить и поддерживать до 50-100 клеточных генераций исходной (первичной) клеточкой культуры, затем клетки начинают терять способность к делению и гибнут.
В молекулярной биотехнологии устойчивые линии используют для крупномасштабного производства вакцин и рекомбинантных белков, для размножения вирусов и выявления белков, которые кодируются клонированными последовательностями ДНК.